proteinGroups.RdExample of proteinGroup.txt file from MaxQuant, which is identified protein group information file. It is the input for MaxQtoMSstatsTMTFormat function, with evidence.txt and annotation file. It includes identified protein groups for 10 proteins among 15 MS runs with TMT10. The important variables are as follows:
proteinGroups
A data frame with 1075 rows and 105 variables.
id
Protein.IDs
Only.identified.by.site
Potential.contaminant
Reverse
#> Protein.IDs Majority.protein.IDs Peptide.counts..all. #> 1: O15042 O15042 9 #> 2: O76031 O76031 6 #> 3: P36578 P36578 19 #> 4: P37108 P37108 9 #> 5: Q6P2E9 Q6P2E9 8 #> 6: Q96P70 Q96P70 25 #> Peptide.counts..razor.unique. Peptide.counts..unique. #> 1: 9 9 #> 2: 6 6 #> 3: 19 19 #> 4: 9 9 #> 5: 8 8 #> 6: 25 25 #> Protein.names #> 1: U2 snRNP-associated SURP motif-containing protein #> 2: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpX-like, mitochondrial #> 3: 60S ribosomal protein L4 #> 4: Signal recognition particle 14 kDa protein #> 5: Enhancer of mRNA-decapping protein 4 #> 6: Importin-9 #> Gene.names Fasta.headers Number.of.proteins Peptides Razor...unique.peptides #> 1: U2SURP NA 1 9 9 #> 2: CLPX NA 1 6 6 #> 3: RPL4 NA 1 19 19 #> 4: SRP14 NA 1 9 9 #> 5: EDC4 NA 1 8 8 #> 6: IPO9 NA 1 25 25 #> Unique.peptides Peptides.M1R1 Peptides.M1R2 Peptides.M1R3 Peptides.M2R1 #> 1: 9 4 4 5 4 #> 2: 6 2 2 1 1 #> 3: 19 17 14 15 17 #> 4: 9 7 8 7 9 #> 5: 8 2 3 1 2 #> 6: 25 13 15 6 17 #> Peptides.M2R2 Peptides.M2R3 Peptides.M3R1 Peptides.M3R2 Peptides.M3R3 #> 1: 5 6 4 5 6 #> 2: 2 2 2 2 1 #> 3: 15 14 14 14 14 #> 4: 7 9 7 7 7 #> 5: 1 2 2 2 1 #> 6: 12 17 15 14 11 #> Peptides.M4R1 Peptides.M4R2 Peptides.M4R3 Peptides.M5R1 Peptides.M5R2 #> 1: 3 5 5 5 5 #> 2: 6 2 2 3 0 #> 3: 16 14 13 15 15 #> 4: 6 8 6 8 9 #> 5: 1 1 1 3 2 #> 6: 14 11 13 11 11 #> Peptides.M5R3 Razor...unique.peptides.M1R1 Razor...unique.peptides.M1R2 #> 1: 8 4 4 #> 2: 2 2 2 #> 3: 16 17 14 #> 4: 8 7 8 #> 5: 1 2 3 #> 6: 15 13 15 #> Razor...unique.peptides.M1R3 Razor...unique.peptides.M2R1 #> 1: 5 4 #> 2: 1 1 #> 3: 15 17 #> 4: 7 9 #> 5: 1 2 #> 6: 6 17 #> Razor...unique.peptides.M2R2 Razor...unique.peptides.M2R3 #> 1: 5 6 #> 2: 2 2 #> 3: 15 14 #> 4: 7 9 #> 5: 1 2 #> 6: 12 17 #> Razor...unique.peptides.M3R1 Razor...unique.peptides.M3R2 #> 1: 4 5 #> 2: 2 2 #> 3: 14 14 #> 4: 7 7 #> 5: 2 2 #> 6: 15 14 #> Razor...unique.peptides.M3R3 Razor...unique.peptides.M4R1 #> 1: 6 3 #> 2: 1 6 #> 3: 14 16 #> 4: 7 6 #> 5: 1 1 #> 6: 11 14 #> Razor...unique.peptides.M4R2 Razor...unique.peptides.M4R3 #> 1: 5 5 #> 2: 2 2 #> 3: 14 13 #> 4: 8 6 #> 5: 1 1 #> 6: 11 13 #> Razor...unique.peptides.M5R1 Razor...unique.peptides.M5R2 #> 1: 5 5 #> 2: 3 0 #> 3: 15 15 #> 4: 8 9 #> 5: 3 2 #> 6: 11 11 #> Razor...unique.peptides.M5R3 Unique.peptides.M1R1 Unique.peptides.M1R2 #> 1: 8 4 4 #> 2: 2 2 2 #> 3: 16 17 14 #> 4: 8 7 8 #> 5: 1 2 3 #> 6: 15 13 15 #> Unique.peptides.M1R3 Unique.peptides.M2R1 Unique.peptides.M2R2 #> 1: 5 4 5 #> 2: 1 1 2 #> 3: 15 17 15 #> 4: 7 9 7 #> 5: 1 2 1 #> 6: 6 17 12 #> Unique.peptides.M2R3 Unique.peptides.M3R1 Unique.peptides.M3R2 #> 1: 6 4 5 #> 2: 2 2 2 #> 3: 14 14 14 #> 4: 9 7 7 #> 5: 2 2 2 #> 6: 17 15 14 #> Unique.peptides.M3R3 Unique.peptides.M4R1 Unique.peptides.M4R2 #> 1: 6 3 5 #> 2: 1 6 2 #> 3: 14 16 14 #> 4: 7 6 8 #> 5: 1 1 1 #> 6: 11 14 11 #> Unique.peptides.M4R3 Unique.peptides.M5R1 Unique.peptides.M5R2 #> 1: 5 5 5 #> 2: 2 3 0 #> 3: 13 15 15 #> 4: 6 8 9 #> 5: 1 3 2 #> 6: 13 11 11 #> Unique.peptides.M5R3 Sequence.coverage.... #> 1: 8 11.3 #> 2: 2 12.5 #> 3: 16 40.3 #> 4: 8 67.6 #> 5: 1 7.9 #> 6: 15 31.3 #> Unique...razor.sequence.coverage.... Unique.sequence.coverage.... #> 1: 11.3 11.3 #> 2: 12.5 12.5 #> 3: 40.3 40.3 #> 4: 67.6 67.6 #> 5: 7.9 7.9 #> 6: 31.3 31.3 #> Mol..weight..kDa. Sequence.length Sequence.lengths Q.value Score #> 1: 118.290 1029 1029 0 74.881 #> 2: 69.223 633 633 0 27.411 #> 3: 47.697 427 427 0 136.630 #> 4: 14.570 136 136 0 189.270 #> 5: 151.660 1401 1401 0 24.338 #> 6: 115.960 1041 1041 0 184.990 #> Reporter.intensity.corrected.0 Reporter.intensity.corrected.1 #> 1: 130210 129130 #> 2: 34504 33832 #> 3: 607570 580720 #> 4: 233830 232450 #> 5: 14225 12424 #> 6: 244950 242660 #> Reporter.intensity.corrected.2 Reporter.intensity.corrected.3 #> 1: 127490 128990 #> 2: 35273 34385 #> 3: 594300 584000 #> 4: 230950 232750 #> 5: 13033 14061 #> 6: 244190 245920 #> Reporter.intensity.corrected.4 Reporter.intensity.corrected.5 #> 1: 133230 127520 #> 2: 36253 36050 #> 3: 587050 543670 #> 4: 230260 221060 #> 5: 14452 13125 #> 6: 251120 246080 #> Reporter.intensity.corrected.6 Reporter.intensity.corrected.7 #> 1: 132860 131420 #> 2: 35637 34646 #> 3: 607610 594260 #> 4: 241300 242750 #> 5: 13222 14258 #> 6: 248220 252790 #> Reporter.intensity.corrected.8 Reporter.intensity.corrected.9 #> 1: 129240 131400 #> 2: 33939 34038 #> 3: 547060 552980 #> 4: 224760 224890 #> 5: 14155 13451 #> 6: 241440 243370 #> Reporter.intensity.0 Reporter.intensity.1 Reporter.intensity.2 #> 1: 122520 122200 128320 #> 2: 32475 32018 35400 #> 3: 571680 549580 598000 #> 4: 220030 219980 232250 #> 5: 13380 11764 13181 #> 6: 230510 229660 245420 #> Reporter.intensity.3 Reporter.intensity.4 Reporter.intensity.5 #> 1: 132310 136410 129080 #> 2: 35251 37147 36380 #> 3: 598580 603290 551800 #> 4: 238650 236530 224230 #> 5: 14326 14735 13319 #> 6: 252070 257320 248920 #> Reporter.intensity.6 Reporter.intensity.7 Reporter.intensity.8 #> 1: 134850 130180 128810 #> 2: 36179 34382 33847 #> 3: 615120 586990 546500 #> 4: 244280 239740 224290 #> 5: 13487 14089 14071 #> 6: 252000 250280 240630 #> Reporter.intensity.9 Reporter.intensity.count.0 Reporter.intensity.count.1 #> 1: 130320 75 76 #> 2: 33772 30 29 #> 3: 549490 255 255 #> 4: 223500 120 119 #> 5: 13361 24 24 #> 6: 241590 194 191 #> Reporter.intensity.count.2 Reporter.intensity.count.3 #> 1: 76 76 #> 2: 30 30 #> 3: 255 255 #> 4: 120 120 #> 5: 24 24 #> 6: 191 193 #> Reporter.intensity.count.4 Reporter.intensity.count.5 #> 1: 76 76 #> 2: 30 30 #> 3: 255 254 #> 4: 119 120 #> 5: 24 24 #> 6: 194 192 #> Reporter.intensity.count.6 Reporter.intensity.count.7 #> 1: 76 76 #> 2: 30 30 #> 3: 254 254 #> 4: 120 120 #> 5: 24 24 #> 6: 192 193 #> Reporter.intensity.count.8 Reporter.intensity.count.9 #> 1: 76 76 #> 2: 30 30 #> 3: 254 255 #> 4: 119 120 #> 5: 24 24 #> 6: 191 193 #> Reporter.intensity.corrected.0.M1R1 Reporter.intensity.corrected.1.M1R1 #> 1: 5642.1 5023.40 #> 2: 2703.2 2240.60 #> 3: 39095.0 37730.00 #> 4: 14813.0 14988.00 #> 5: 1018.0 859.54 #> 6: 16670.0 15694.00 #> Reporter.intensity.corrected.2.M1R1 Reporter.intensity.corrected.3.M1R1 #> 1: 5422.80 5036.20 #> 2: 2330.00 2814.50 #> 3: 40256.00 39072.00 #> 4: 15250.00 14426.00 #> 5: 928.41 893.68 #> 6: 16693.00 16555.00 #> Reporter.intensity.corrected.4.M1R1 Reporter.intensity.corrected.5.M1R1 #> 1: 5772.30 4996.20 #> 2: 2690.20 2559.00 #> 3: 37915.00 34949.00 #> 4: 14323.00 13747.00 #> 5: 947.68 868.68 #> 6: 17418.00 15860.00 #> Reporter.intensity.corrected.6.M1R1 Reporter.intensity.corrected.7.M1R1 #> 1: 5309.6 5206.7 #> 2: 2534.9 2490.7 #> 3: 39980.0 38323.0 #> 4: 15813.0 15907.0 #> 5: 1063.6 1046.5 #> 6: 16377.0 16483.0 #> Reporter.intensity.corrected.8.M1R1 Reporter.intensity.corrected.9.M1R1 #> 1: 5111.00 5794.2 #> 2: 2708.90 2523.6 #> 3: 34546.00 36881.0 #> 4: 14281.00 15147.0 #> 5: 904.74 1086.7 #> 6: 15895.00 16612.0 #> Reporter.intensity.corrected.0.M1R2 Reporter.intensity.corrected.1.M1R2 #> 1: 5935.90 5752.40 #> 2: 2089.10 2058.60 #> 3: 34361.00 33537.00 #> 4: 16357.00 16620.00 #> 5: 918.25 766.38 #> 6: 17987.00 18334.00 #> Reporter.intensity.corrected.2.M1R2 Reporter.intensity.corrected.3.M1R2 #> 1: 6281.2 6577.40 #> 2: 2512.8 2075.40 #> 3: 34856.0 34290.00 #> 4: 16309.0 16296.00 #> 5: 667.7 822.64 #> 6: 18347.0 18162.00 #> Reporter.intensity.corrected.4.M1R2 Reporter.intensity.corrected.5.M1R2 #> 1: 6790.30 6851.40 #> 2: 2369.90 2159.00 #> 3: 33962.00 31267.00 #> 4: 15929.00 14858.00 #> 5: 895.58 818.14 #> 6: 18542.00 16977.00 #> Reporter.intensity.corrected.6.M1R2 Reporter.intensity.corrected.7.M1R2 #> 1: 6393.70 6747.40 #> 2: 2641.80 2363.40 #> 3: 36226.00 34135.00 #> 4: 16161.00 17524.00 #> 5: 621.42 720.61 #> 6: 18039.00 18058.00 #> Reporter.intensity.corrected.8.M1R2 Reporter.intensity.corrected.9.M1R2 #> 1: 5726.50 5977.60 #> 2: 2129.10 2065.70 #> 3: 31274.00 31273.00 #> 4: 15829.00 16221.00 #> 5: 804.46 941.42 #> 6: 17537.00 17912.00 #> Reporter.intensity.corrected.0.M1R3 Reporter.intensity.corrected.1.M1R3 #> 1: 7919.30 7714.50 #> 2: 457.36 513.11 #> 3: 46233.00 44947.00 #> 4: 8712.60 8690.00 #> 5: 486.49 355.95 #> 6: 7367.00 6747.00 #> Reporter.intensity.corrected.2.M1R3 Reporter.intensity.corrected.3.M1R3 #> 1: 7565.30 7958.40 #> 2: 239.85 355.03 #> 3: 48765.00 46454.00 #> 4: 9380.30 9191.50 #> 5: 563.49 449.23 #> 6: 7631.40 7523.30 #> Reporter.intensity.corrected.4.M1R3 Reporter.intensity.corrected.5.M1R3 #> 1: 8038.30 7618.20 #> 2: 615.09 460.76 #> 3: 48862.00 42641.00 #> 4: 8953.20 8937.90 #> 5: 394.93 468.59 #> 6: 7565.50 7655.90 #> Reporter.intensity.corrected.6.M1R3 Reporter.intensity.corrected.7.M1R3 #> 1: 8172.10 7750.20 #> 2: 340.14 454.79 #> 3: 49722.00 47961.00 #> 4: 9700.60 9544.20 #> 5: 448.25 593.14 #> 6: 7283.40 7756.20 #> Reporter.intensity.corrected.8.M1R3 Reporter.intensity.corrected.9.M1R3 #> 1: 7707.60 7774.10 #> 2: 479.88 497.41 #> 3: 44549.00 46686.00 #> 4: 9066.40 9004.50 #> 5: 575.06 468.72 #> 6: 7614.90 7373.40 #> Reporter.intensity.corrected.0.M2R1 Reporter.intensity.corrected.1.M2R1 #> 1: 8045.00 8018.10 #> 2: 1622.90 1345.30 #> 3: 48078.00 46647.00 #> 4: 21315.00 21222.00 #> 5: 552.44 990.15 #> 6: 23155.00 21103.00 #> Reporter.intensity.corrected.2.M2R1 Reporter.intensity.corrected.3.M2R1 #> 1: 7191.20 7831.80 #> 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